В это время в музей приходит работать Лебедева Нина Ивановна, в качестве научного сотрудника. Она много переняла у смотрителя Огарковой В. И., которая была человеком, с немалым жизненным опытом, отлично знавшим жизнь и быт вохомских крестьян. Сотрудники старались всё узнать, собрать, зафиксировать, не упустив никаких мелочей. В период с 1998 года по 2001 музеем руководит Чичерина Валентина Васильевна. С 1991 года здание церкви передаётся общине прихожан, и музей переселяется в особняк, где и размещён в настоящее время. Музей с 1991 года по 1995 с населением не работает, потому,  как нет возможности размещать экспозиции. К юбилею Победы в Великой Отечественной войне в 1995 году в новом здании открывается первая выставка, посвященная этому событию. Произведённый ремонт зала оплачивается из областного бюджета, районная администрация помогает в организации выставки. 

Работавшие в этот период заместитель главы администрации по социальным вопросам Гурова Нина Витальевна и глава администрации Огарков Виталий Арсеньевич оказывают большую помощь в способствовании финансированию ремонтных работ. Очередной зал был подготовлен в 1998 году на фестиваль «Мы - с Ветлуги реки». Сотрудники музея оформили выставку современных мастеров, к которой возник большой интерес у населения Вохомского района. Третий зал был отремонтирован к юбилею района. 

Нынешнее состояние музея - это в основном результат труда Лебедевой Нины Ивановны и Ляпугиной Нины Николаевны. Музейщиков связывают тесные творческие отношения со многими жителями нашего района: в их числе Виталий Георгиевич Пономарев, художник, работы которого представлялись на выставке «Очарование русского пейзажа». В разные годы здесь же выставлялись вышитые картины Пигиной Ираиды Федосеевны, фотоработы Краева Владимира Анатольевича. За последние годы, применяя экспонаты своих фондов, используя фонды Костромского музея-заповедника, Нейского и Шарьинского  краеведческих музеев, в этих пенатах культуры было оформлено немалое количество выставок: «Пока идут старинные часы», «Черемисы Поветлужья», «Церковное облачение», «Ремесла вохомского края», «Вознесение - Вохма - торговое село», «Моды 20-го века», «Самовары».  Выставлялись экспонаты из частной коллекции Смердова  А. В. - «Лесная скульптура», «Колокольчики», к пятнадцатилетнему юбилею вывода из Афганистана советских войск была оформлена выставка «Афганистан болит в моей душе». 

Юбилей со дня рождения поэта-земляка Л. Н. Попова был отмечен прекрасной выставкой «Ржаной округи гражданин», которая пользовалась огромной популярностью. Экспонаты, хранящиеся в запасниках музея, экспонируются в музеях Костромы и области. В настоящее время коллектив сотрудников тревожит состояние здания, которому требуются реставрационные работы. При имеющейся технической базе невозможно использовать современные информационные источники, нет выхода в Интернет. На современном этапе главная задача краеведческого музея - это пропаганда народного патриотизма и культуры, хранительская и собирательская работа. После 1995 года были собраны прекрасные коллекции и фонды, проведено описание созданных ранее музейных коллекций. Все наработки заархивированы и сохранятся для будущих поколений. В Вохомском районе в последние годы уделяется большое внимание пропагандированию краеведческих знаний. По инициативе Н. Б. Шадриной, главы администрации Вохомского муниципального района была подготовлена «Районная программа пропаганды и развития краеведческих знаний». Она координирует и объединяет деятельность учреждений образования и культуры, любительских объединений, а также всех лиц, интересующихся этой темой. В рамках данной программы проводятся конкурсы и мероприятия, краеведческие чтения, организуются музейные выставки, издается литература. 

В настоящее время начала работать уже третья фаза программы, рассчитанной на период 2009-2011 годов. Музей вносит в эту большую общественную работу свою лепту. Сегодня здесь действуют выставки «Праздник народного быта» (о традиционных ремеслах вохомского края), постоянная выставка «Звери и птицы родного края», «О первой мировой войне в документальных открытках, выпущенных в начале 20 века», создаётся новая выставка к юбилею Костромской области и района. В музее работает дружный, стабильный коллектив. Много лет музейному делу отдала научный сотрудник музея Ляпугина Нина Николаевна. Она главный хранитель музейных фондов, каждый экспонат прошел через ее руки: место каждой вещи в фондохранилище определяет она, следит за сохранностью, устанавливает экспозиционные качества музейных объектов, подбирает экспонаты для создания музейных выставок. Елена Васильевна Бергс,  молодой научный сотрудник работает в музее шестой год. За этот период она проявила себя как инициативный, энергичный специалист. Она занимается работой по проведению массовых мероприятий с учениками общеобразовательных школ и дошкольниками, готовит описание музейных предметов, совмещает одновременно  работу в музее и обучение в Шарьинском филиале КГУ имени Н. А. Некрасова. Разнообразную и большую исследовательскую работу ведут оба сотрудника: описание музейных коллекций, фиксация и изучение различных современных исторических явлений и событий, изучение истории создания и становления районных организаций и многое другое. У заведующей филиалом Лебедевой Нины Ивановны музейный стаж более 20 лет, а всего она проработала в культуре Вохомского района 36 лет. За эти годы накоплен немалый опыт работы. Она вспоминает с благодарностью своих наставников по библиотечной работе: Т. Л. Воеводину, Е. С. Юдинцеву, Л. М. Первушину, Г. М. Унанян. И сегодня библиотека и музей работают в плотном сотрудничестве: проводятся совместные краеведческие чтения, мероприятия. Заведующая филиалом кроме административной работы также ведет экскурсионную, исследовательскую и массовую работу.

В настоящее время музей является филиалом Костромского художественного и историко-архитектурного музея и занимает в культурном пространстве села свою нишу, не «отнимая хлеб» у остальных очагов культуры. Как и раньше, он пользуется огромной популярностью у жителей района и посёлка Вохма, а также многочисленных гостей.